По состоянию на 1 сентября 2008 г. в учреждениях УИС содержалось 893,1 тыс. человек, в том числе в 758 исправительных колониях - 734,9 тыс., в 216 следственных изоляторах, 7 тюрьмах и 164 помещениях, функционирующих в режиме следственных изоляторов - 148,5 тыс. человек, в 62 воспитательных колониях для несовершеннолетних - 9,4 тыс. человек. В учреждениях содержится 67,2 тыс. осужденных женщин, при женских колониях имеется 11 домов ребенка, в которых проживает 776 детей.
Медицинское обслуживание осужденных и подследственных обеспечивают 131 больница различного профиля, а также медицинские части или здравпункты в каждом учреждении, 57 лечебных исправительных учреждений для больных туберкулезом, 9 лечебных исправительных учреждений для больных наркоманией.
В состав УИС входят также 2445 уголовно-исполнительных инспекций, в которых состоят на учете 590,7 тыс. человек, осужденных к наказаниям, не связанным с лишением свободы.
Производственный потенциал УИС составляют 602 предприятия исправительных учреждений (в настоящее время 541 предприятие находятся в стадии ликвидации, на их базе создаются центры трудовой адаптации, производственные мастерские), 316 центров трудовой адаптации осужденных, 22 лечебно-, 21 учебно-производственных мастерских.
При исправительных и воспитательных колониях функционирует 301 вечерняя общеобразовательная школа и 447 учебно-консультационных пунктов, 338 профессионально-технических училищ, действуют 436 церквей, 741 молитвенная комната.
Штатная численность персонала УИС составляет 327,9 тыс. человек, в том числе аттестованных сотрудников - 264,8 тыс. человек.
Медицинское обслуживание личного состава осуществляют 47 учреждений здравоохранения, в том числе 25 центров медицинской и социальной реабилитации, 13 больниц, 6 военно-врачебных комиссий и 3 санатория.
В составе УИС действуют 7 высших учебных заведений (с 7 филиалами), в том числе Академия права и управления Минюста России, 1 юридический колледж, 74 учебных центра, научно-исследовательский институт уголовно-исполнительной системы, научно-исследовательский институт информационных и производственных технологий с филиалами в городах Иваново, Владимир, Челябинск, 2 кадетские школы-интерната: "Московский кадетский корпус юстиции" и "Симбирский кадетский корпус юстиции".
Имеется Объединенная редакция, издающая журналы "Преступление и наказание" и "Ведомости УИС", газету "Казенный дом".